发现车被套牌，可按以下步骤处理，以维护自身合法权益：

证据收集

车辆外观：拍摄车辆外观照片，证明与套牌车的差异，如车身颜色、划痕、贴纸、改装部件等细节。

行车记录：保存行车记录仪中的视频资料，若记录到套牌车的行驶轨迹或违章瞬间，将作为有力证据。

其他凭证：保留车辆的维修保养记录、过路费票据、停车小票、高速收费小票等，这些可证明在套牌车违章期间自己车辆的位置和行驶轨迹。

报案申诉

携带证件：携带车辆行驶证、车主身份证等相关证件，到车辆登记地的交管部门报案。

填写表格：填写套牌报案表格或《被套牌机动车报案表》，详细说明发现套牌的情况，包括套牌车的违法时间、地点、违法行为等，并提交之前收集的证据。

配合调查

提供线索：积极配合交管部门的调查工作，提供更多可能有用的线索，如车辆的行驶轨迹、可能的套牌时间段等。

保持沟通：在交管部门处理期间，保持电话畅通，以便及时获取案件进展信息，配合补充相关信息。

后续处理

撤销记录：交管部门核实情况后，会消除因套牌产生的错误违章记录，恢复车主正常的车辆使用状态和信用记录。

追究责任：若因套牌车的违章行为给自己造成损失，如额外的交通费用等，可依法向套牌车的车主或使用者追究赔偿责任。