这个要看具体的承包合同约定条款，看有没有工程质量和工程款结算的条款具体是怎么写的。
正常情况就是协商解决，然后就是诉讼。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十条，如果合同中有相关条款，法院可以直接以承包人申报的结算金额认定工程结算价款。
工程质量问题的处理：如果发包方提出工程质量问题，您需要根据具体情况判断。如果工程质量问题能修复且已修复完成，发包人可以扣留不超过合同总价款10%的质量保证金。在质保期满且无任何质量问题后，再将质量保证金退还承包人。
反诉或另行起诉：对于建设工程验收合格后发现的其他质量问题，发包方可通过反诉、另行起诉要求承包方承担保修责任或者赔偿损失。
质量保证金的处理：关于质量保证金的扣留和返还，应遵循合同约定和相关法律规定。通常，质量保证金的扣留比例不应超过工程价款总额的3%，并且在满足一定条件后应予以返还。
请根据实际情况，结合合同约定和法律规定，采取合适的措施维护您的合法权益。如果需要进一步的法律援助，建议咨询九条象律师咨询平台的专业律师。